Autorem żywota św. Stanisława znanego w dwóch wersjach, krótszej Vita minor i dłuższej Vita maior jest Wincenty z Kielczy OP, natomiast Jan Długosz w Żywocie św. Stanisława opisuje cuda, które zdarzyły się po śmierci biskupa. Historiografia tematu jest bardzo rozwinięta. Tadeusz Wojciechowski w swojej pracy Szkice historyczne jedenastego wieku z 1904 wysuwa tezę, iż św. Stanisław został skazany za zdradę narodu. Twierdzenie to opiera się na Kronice Galla Anonima, gdzie sam autor nazywa go traditor episcopus – „biskup zdrajca”. Słowo traditor jest wieloznaczne, a sam Gall używał go w kilku znaczeniach: w Kronice zastosował je w sumie 13 razy, ale tylko 3 razy na określenie zdrady polegającej na konszachtach z zewnętrznym nieprzyjacielem. Według Wojciechowskiego przedmiotem sporu pomiędzy Bolesławem Szczodrym a św. Stanisławem nie były „niewierne żony”, lecz władza w młodym państwie polskim: Stanisław reprezentował frakcję polityczną przeciwną królowi a przychylną interesom Cesarstwa i być może frakcjom wspierającym Władysława Hermana. Spisek ten został wykryty, a Stanisław, na mocy sądu arcybiskupiego, został za zdradę króla skazany na obcięcie członków. Tezy Wojciechowskiego spotkały się z krytyką jako oparte w zbyt dużym stopniu na domysłach, zwłaszcza odnośnie do domniemanej ingerencji czesko-niemieckiej w sprawy polskie, na którą w źródłach nie ma najmniejszego dowodu. Zdaniem Romana Grodeckiego stawianie alternatywy „święty czy zdrajca” może być w rzeczywistości pozorne, gdyż nie da się wykluczyć, że postępowanie biskupa wypływało ze szlachetnych pobudek etycznych, ale ponieważ nie było na rękę królowi, zostało zakwalifikowane jako zdrada polityczna. W średniowiecznej łacinie zdrajców „na rzecz kogoś innego” określano zaś częściej terminem proditor, więc niektórzy wskazują, że gdyby Gall faktycznie oskarżał św. Stanisława o taką zdradę, użyłby właśnie słowa proditor, zaś użyte przez niego traditor oznacza w tym kontekście wewnętrzne nieposłuszeństwo wobec władcy. Co więcej, czaszka św. Stanisława, przechowywana na Wawelu, nosi ślady śmiertelnego, sześciocentymetrowego wgniecenia, powstałego na skutek uderzenia tępym narzędziem. Według niektórych badaczy jest to dowód, że na św. Stanisława przeprowadzono zamach, co wykluczałoby osąd. Hipoteza Tadeusza Grudzińskiego zakłada, że głównym powodem konfliktu pomiędzy św. Stanisławem a Szczodrym była reforma kościelna, przeprowadzona przez legatów papieskich w 1075. Utworzone zostało wówczas biskupstwo płockie (redukcja diecezji krakowskich Stanisława), odnowiono również arcybiskupstwo w Gnieźnie, wykluczając jednocześnie św. Stanisława z pełnienia funkcji metropolity. Na powyższe wydarzenia miał nałożyć się bunt rycerstwa, spowodowany szerokimi nadaniami na rzecz Kościoła, a nie możnych. Po wykryciu spisku możnych i św. Stanisława, król miał wydać samodzielnie wyrok, wykonany jednak przez kata przed kościołem św. Michała. Historyk Jan Powierski, sądzi, że skoro w 1071 św. Stanisław osadzony został przez króla na biskupstwie krakowskim, a w 1075 odmówiono mu stanowczo arcybiskupstwa w Gnieźnie, to w przeciągu tych czterech lat musiały nastąpić wydarzenia, które pogorszyły jego wizerunek w oczach króla. Być może okazał się on osobą niegodną tego urzędu. Wincenty Kadłubek opisał dość szeroko pogłoski, jakoby biskup miał prowadzić niemoralne życie, wkładając te słowa w usta wygnanego króla i określając je jako mało wiarygodne. Nie możemy mieć jednak pewności, czy pogłoski o jego niemoralnym życiu w istocie były jedynie plotkami, czy też miały pewne uzasadnienie. Dalej Powierski pisze, że bunt rycerstwa faktycznie miał miejsce i był spowodowany zbyt dużą liczbą wypraw wojennych, pozbawionych jednak łupu, gdyż były to wyprawy sojusznicze. Rycerze zbuntowali się na skutek braku odczuwalnych sukcesów, jak i na skutek tego, że przez zdecydowaną większość roku brali jedynie udział w wojnach. Bunt nie miał być jednak kierowany przez św. Stanisława. Wedle Powierskiego przywódcą buntu mógł być Sieciech: palatyn posiadający w kraju ogromną władzę i wpływy, a Stanisław miał być jedynie pionkiem wykorzystywanym przez możnych widzących w nim sojusznika w działaniach przeciw królowi.